А как отличать фоновый клик от переключения окон?
По идее, все просто:
1) запомнить windowplacement, или как оно там зовется
2) активизировать нужное окно
3) послать ему сообщение
4) восстановить windowplacement

В пингвинячьих оконных менеджерах есть (были) настройки для активации окна только по кликанью в область заголовка или наоборот, по появлению мыши над участком окна.