Целиком не уничтожают. Но обычно больше копируют существенные фрагменты бизнес-логики на новую основу, нежели заменяют отдельные фрагменты в старой системе.

Замена фрагментов - это так, текущая поддержка. Если заниматься этим лет пять, то даже с постоянным рефакторингом вырастает угробище, которое пора выбрасывать.